高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
住在深渊边缘的孤儿莉可，与机器人少年雷古一起，向吞噬一切的大洞穴“深渊”发起挑战。
讲述五条悟少年时代的故事，精彩的咒术对决与深刻的人物刻画，重新定义现代热血番的巅峰之作。